الهی قمشه‌ای دارای تألیفات و ترجمه‌های متعددی است. وی تعداد زیادی سخنرانی به زبان‌های فارسی و انگلیسی در دانشگاه‌ها و سازمان‌های مختلف داخل و خارج از کشور ایراد کرده که برخی از آن‌ها از طریق رسانه ملی پخش شده و سخنرانی‌های ایشان به صورت لوح فشرده و فایل صوتی در دسترس است.

کتاب‌ها

1. گزیده فیه مافیه (مقالات مولانا) تلخیص و شرح: انتشارات علمی و فرهنگی (۱۳۶۶)
2. کیمیا (مجموعه مقالات، ترجمه‌ها و مقدمه‌ها) جلدهای ۱ تا ۵، ۸ تا ۱۲: انتشارات روزنه (۱۳۶۶–۱۳۹۴)
3. مقدمه و تصحیح دیوان حافظ: انجمن خوشنویسان ایران و انتشارات سروش (۱۳۶۸)
4. بررسی آثار ترجمه شده اسلامی به زبان انگلیسی: انتشارات سمت (۱۳۷۱)
5. گزیده منطق الطیر (عطار): انتشارات علمی و فرهنگی (۱۳۷۳)
6. شرح گلشن راز (شیخ محمود شبستری): انتشارات علمی و فرهنگی (۱۳۷۷)
7. ترجمه گزیده سخنان شکسپیر: انتشارات علمی و فرهنگی (۱۳۷۷)
8. مقالات: انتشارات روزنه (۱۳۷۸)
9. پیامبر، ترجمه اثر جبران خلیل جبران: انتشارات روزنه (۱۳۷۸)
10. قرآن دوجلدی (عربی و فارسی): نشر هفت گنبد (ترجمه مهدی الهی قمشه‌ای، ویرایش حسین الهی قمشه‌ای) (۱۳۷۸)
11. یاد یار مهربان (ستایش و نیایش در ادب پارسی): انتشارات یساولی (۱۳۷۹)
12. مناجات منظوم حضرت علی (ع) (پیشگفتار): انتشارات کلینی (۱۳۷۹)
13. ۳۶۵ روز با سعدی: انتشارات سخن (۱۳۸۱)
14. مقدمه، تصحیح و شرح دیوان حافظ: انتشارات پیک علوم (۱۳۸۱)
15. رباعیات حکیم عمر خیام (ویرایش و پیشگفتار): انتشارات پیک علوم (۱۳۸۲)
16. گنج رحمت (مقدمه‌ای بر تابلوهای بسم الله): انتشارات یساولی (۱۳۸۴)
17. دعای کمیل، ترجمه: انتشارات یساولی (۱۳۸۵)
18. طلب، ترجمه اثر مرتضی الهی قمشه‌ای: انتشارات پیک علوم (۱۳۸۵)
19. مائده‌های فرهنگی: انتشارات پیک علوم (۱۳۸۶)
20. ۳۶۵ روز با ادبیات انگلیسی (قلمرو زرین): انتشارات سخن (۱۳۸۶)
21. آن خردمند دیگر، ترجمه اثر هنری ون دایک: انتشارات روزنه(۱۳۸۶)
22. ۳۶۵ روز با مولانا (در صحبت مولانا): انتشارات سخن (۱۳۸۸)
23. ۳۶۵ روز با قرآن: انتشارات سخن (۱۳۸۹)
24. زیرکی‌های ملانصرالدین، تألیف شاهد قمشه‌ای، مقدمه و توضیحات حسین الهی قمشه‌ای: انتشارات روزنه (۱۳۸۹)
25. گنجینهٔ آشنا: ۳۶۵ روز در صحبت شاعران پارسی گو: انتشارات سخن (۱۳۹۲)
26. رباعیات حکیم عمر خیام (مقدمه و شرح چهل رباعی):انتشارات فرهنگسرای میر دشتی (۱۳۹۳)
27. متون عرفانی به زبان فارسی: انتشارات سمت (۱۳۹۴)
28. ۳۶۵ روز با حافظ: انتشارات سخن (۱۳۹۶)
29. از دولت قرآن (انتخاب آیات، ترجمه فارسی و پیشگفتار): انتشارات سبزه (۱۳۹۷)
30. ترانه‌های باباطاهر عریان: انتشارات خانه فرهنگ و هنر گویا (۱۳۹۷)
31. نغمه عشاق: گزیده دیوان حکیم الهی قمشه ای (گزینش، ویرایش، پیشگفتار): انتشارات سخن (۱۳۹۷)
32. دیوان حافظ (تصحیح پیشگفتار و تصویرگذاری): خانهٔ فرهنگ و هنر گویا (۱۳۹۸)

مقالات

1. خطی زشت است که به آب زر نبشته است. فصلنامه چلیپا شماره ۲، زمستان ۱۳۷۰، صفحات ۹۷–۱۰۹
2. نگاهی به نخستین شماره نشریه الخطّاط. فصلنامه چلیپا شماره ۲، زمستان ۱۳۷۰، صفحات ۱۲۱–۱۲۴
3. بر عدم باشم نه بر موجود مست. فصلنامه چلیپا، شماره اول، تابستان ۱۳۷۰، صفحات ۵–۲۷
4. در تنگنای قافیه خورشید. فصلنامه چلیپا، شماره اول، تابستان ۱۳۷۰، صفحات ۹۸–۱۱۳
5. شأن و صفا. نگاهی به رساله آداب المشق میرعماد. فصلنامه چلیپا، شماره اول، تابستان ۱۳۷۰، صفحات ۱۸۶ تا ۱۹۹
6. چینیان گفتند ما نقاش تر. فصلنامه چلیپا، شماره ۳، بهار ۱۳۷۱، صفحات ۲۰–۲۴
7. رقصی به سوی خداوند. کیمیا (۱) ، انتشارات روزنه، ۱۳۷۷، صفحات ۸۶–۸۹
8. ستایش سعدی از زبان جامی. کیمیا (۱)، انتشارات روزنه، ۱۳۷۷، صفحات ۱۰۱–۱۰۴
9. معرفی کتاب تحفه المحبین. کیمیا (۱)، انتشارات روزنه، ۱۳۷۷، صفحات ۷–۱۳
10. همچو قرآن که به معنی هفت توست. کیمیا (۱)، ۱۳۷۷، صفحات ۹۱–۹۴
11. مقامه اول حریری (ترجمه). کیمیا (۲)، روزنه، ۱۳۷۸، صفحات ۳۷–۴۱
12. ترجیع بند خواجوی کرمانی. کیمیا (۸)، روزنه، ۱۳۸۶، صفحات ۱۲–۲۰
13. ستایش و نیایش. کیمیا (۸)، روزنه، ۱۳۸۶، صفحات ۳۱۷–۳۲۲
14. ای نام تو بهترین سرآغاز. کیمیا (۹)، ۱۳۸۹ روزنه، صفحات ۱۶–۲۵
15. عطر و شکر عطار، در آثار مولانا، شیخ محمود شبستری و حافظ. کیمیا (۹)، روزنه، ۱۳۸۹، صفحات ۲۶–۴۵
16. حکایت نی. کیمیا (۹)، روزنه، ۱۳۸۹، صفحات ۴۶–۶۱
17. هفت روز هفته: رنگ‌ها، ستارگان و معانی رمزی و عرفانی آنها. کیمیا (۱۰)، روزنه، ۱۳۸۹، صفحات ۱۳–۱۵
18. دین عشق. کیمیا (۱۰)، روزنه، ۱۳۹۳، صفحات ۹–۲۵
19. آیینه جهانی و شیرین زبانی سعدی. کیمیا (۱۱)، ۱۳۹۳، صفحات ۲۷–۴۳
20. سمفونی مولانا. کیمیا (۱۲)، ۱۳۹۴، روزنه، صفحات ۹–۷۷
21. یکی بسیار و بسیار اندکی شد. کیمیا (۱۲)، ۱۳۹۴، روزنه، صفحات ۲۹–۳۹