فرشچیان بنیان‌گذار مکتب خود در نقاشی ایرانی است که پایبند به شکل کلاسیک همراه با استفاده از تکنیک‌های جدید برای توسعه دامنه نقاشی ایرانی است. او به این شکل هنر، روح جدیدی بخشید و آن را از رابطه همزیستی تاریخ با شعر و ادبیات تغذیه کرد تا استقلالی به این هنر بدهد که پیش از آن کمتر داشت. نقاشی‌های قدرتمند و نوآورانه او پویا و گسترده و پر از جنب و جوش هستند، با تلفیقی جذاب از عناصر سنتی و مدرن، که ترکیبات سبک منحصر به فرد او در نقاشی هستند. برخی از توانایی‌های او احساس فوق‌العاده خلاقیت، نقوش متحرک، خلقت فضای‌های گرد و منحنی، خطوط نرم و قدرتمند، و خلقت رنگ‌های مواج هستند. آثار فرشچیان یک ترکیب دل‌انگیز از اصالت و نوآوری است. آثار او از شعر کلاسیک، ادبیات فارسی، قرآن، کتاب‌های مقدس مسیحیان و یهودیان، و همچنین تخیل عمیق خود او تأثیر گرفته‌است.

فرشچیان نقش مهمی در معرفی هنر ایران به صحنه بین‌المللی هنر ایفا کرده‌است. او دعوت شد تا در دانشگاه‌های متعدد و مؤسسات هنری صحبت کند. شش کتاب و مقالات متعددی در مورد آثار وی منتشر شده‌است.

آثار دربارهٔ فرشچیان

نگار جاویدان: زندگی و آثار استاد محمود فرشچیان، نوشته امیر رضایی نبرد

• در کارگه خیال: بررسی جایگاه خیال در آثار استاد محمود فرشچیان، نوشته امیر رضایی نبرد

کتاب‌ها

• نقاشی برای کتاب شاهنامه فردوسی
• نقاشی از قهرمانان بزرگ شاهنامه
• نقاشی برای دیوان حافظ
• نقاشی برای رباعیات عمر خیام

برخی آثار

• تابلوی «ضامن آهو»: طرحی از شمایل امام رضا
• تابلوی «پنجمین روز آفرینش»: در این تابلو همهٔ مخلوقات زمینی و آسمانی به ستایش پروردگار مشغولند.
• تابلوی «ابراهیم نبی»: تابلوی ابراهیم ع در آتش، گلستان شدن آتش بر ابراهیم ع
• تابلوی «عصر عاشورا»: فرشچیان در مورد نحوه طراحی این اثر می‌گوید:

«سه سال پیش از انقلاب روز عاشورا مادرم مرا نصیحت کرد و گفت: به روضه گوش کن تا چند کلمه حرف حساب بشنوی؛ و من با ایشان گفتم: من اول در اتاقم کاری دارم بعد خواهم رفت. حال عجیبی به من دست داد. وارد اتاق شدم، قلم را برداشتم و تابلوی عصر عاشورا را شروع کردم. قلم را که برداشتم تابلویی شد که الآن هست بدون هیچ تغییری». این اثر توسط او به موزه آستان قدس رضوی اهدا شد.

• تابلوی «شمس و مولانا»: که از یکی از اشعار مولانا الهام گرفته شده‌است. رنگ‌های خاصی در نقاشی استفاده شده‌است تا ارتباط عرفانی و معنوی که بین مولوی و شمس وجود داشته را برجسته کند.
• تابلوی «ستایش»: به گفته وی این تابلو برداشتی از مفهوم آیه 'یسَبِّحُ لِلَّهِ مَا فِی السَّمَاوَاتِ وَمَا فِی الأرْضِ' است.
• تابلوهای آسمان چهارم و شام غریبان: که روز یکشنبه ۱۵ شهریور ۱۳۹۴ در مجموعه فرهنگی تاریخی سعدآباد رونمایی شد.
• تابلوی «یتیم نوازی علی»؛ با نام اصلی «پناه»، مهربانی و یتیم‌نوازی علی بن ابیطالب را سوژه اصلی کار قرار داده‌است.
• طراحی پنجمین ضریح حرم امام رضا
• طرح ضریح جدید مقبره حسین بن علی در کربلا اثر فرشچیان است که با مهارت استادان طلاکار و نقره کار ایران به اجرا درآمده و در سال ۱۳۹۱ در قم رونمایی و سپس به کشور عراق منتقل شد.
• آخرین و پنجمین جلد از کتاب آثار محمود فرشچیان شامل تازه‌ترین آثار این هنرمند از سوی انتشارات گویا شامل ۱۵۰ اثر نگارگری و طراحی از تازه‌ترین آثار محمود فرشچیان در ۲۵۸ صفحه رنگی با کاغذ در سال ۱۳۸۷ منتشر شده‌است.
• همچنین دست خط‌های فرشچیان شامل نامه‌ها و یادداشت‌ها از ویژگی طرح‌های مینیاتوری او برخوردار است.